使用指南

1 介绍

平台主要计算资源包括:23台CPU计算节点,2台大内存胖节点,2台GPU节点,共享存储容量为614TB。平台面向全校提供高性能科学与工程计算服务,满足各学科领域对于大规模数据处理和大规模科学计算的需求。

2 使用方法

平台为北京并行科技股份有限公司提供的高性能计算云桌面,使用方法如下:
1. 登录 URL:(推荐谷歌或火狐浏览器)https://hpcuser.sicau.edu.cn,使用《用户使用登记表》内“团队负责人”的统一身份认证账号密码登录(登录系统后建议修改密码)。

2. 登录平台后,点击“应用中心”申请您所需要的应用,例如 Python:通过图形界面即可提交任务。

3. 作业提交后,可在界面显示作业运行状态,实施输出结果,以及结果文件下载等。


4. 对于特殊用户的计算需求,平台也支持命令行方式提交,SSH 登录权限需要经过严格的审核才能开通,建议用户尽量使用图形界面提交作业。

3 节点配置

设备提供商:曙光信息产业股份有限公司;
试运行日期:2019年6月;
理论峰值:约130万亿次每秒执行的浮点运算能力(130TFlops);

节点类别 机器型号 主要配置(CPU,内存) 节点数
CPU 节点 compute[1-23] Sugon CX50-G30 2*16 核 Intel(R) Xeon(R) Gold 6142 CPU@2.60GHz/台 内存:192GB/台 23
GPU 节点 gpu1,gpu2 Sugon X580-G30 2*16 核 Intel(R) Xeon(R) Gold 6142 CPU@2.60GHz/台 内存:256GB/台 GPU:Tesla V100 16GB*4 块/台 2
胖节点 fat1,fat2 Sugon I840-G30 4*18核 Intel(R) Xeon(R) Gold 6150@2.70GHz/台 内存:2TB/台 2
存储 /public目录,614T
集群统一配置 100Gb/s 的 Ifiniband计算网络,1000Mb/s 的管理网络

4 存储系统

存储可使用容量614TB,计算节点上挂载的路径为:/public

5 公共软件

平台提供商:北京并行科技股份有限公司;

管理平台 ParaCloud并行应用服务平台
操作系统 CentOS-7.4
作业调度 Slurm-17.11.7
并行环境 OpenMPI,Mpich
GPU环境 CUDA-10.0,cuDNN-7.0
应用软件 Anaconda-3.0,Bedtools-2.28,Bwa-0.7.17,Gatk-4.0,Hisat-2.1.0,Modules-4.3.0,Mpich-3.3,Perl-5.28.1,Python-3.6.8,Pytorch-1.2,R-3.5.3,Samtools-1.9,STAR-2.7.0,Stringtie-1.3.5,Tophat-2.1.1,Tensorflow-2.0,Trinity-2.8.4